San Pelayo es una pedanía perteneciente al municipio de Merindad de Montija situada en la comarca de Las Merindades, provincia de Burgos.
Con apenas 42 habitantes censados, esta aldea está prácticamente despoblada y casi todos sus edificios se utilizan para la ganadería: caballos y vacas principalmente, y la caza.
San Pelayo suele ser punto de partida habitual para aficionados al senderismo, especialmente para ascender al monte Zalama y los montes de Ordunte.